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医学系的前身是原安徽省铜陵卫生学校，始建于1958年，有60多年医学教育的办学历史，曾先后举办了护理、临床医学、助产、麻醉等专业全日制中专学历教育，并与皖南医学院成教院联办了临床医学、护理专业成人大专学历教育。2000年并入学院后，先后开设的专业有护理、临床医学、医学影像技术、医药营销、医学检验技术、药学、康复治疗技术、助产等。2019年护理专业独立分出成立护理系，目前医学系专业有医学影像技术、医学检验技术、药学、康复治疗技术四个专业，其中医学影像技术专业为"省级高水平特色专业"，医学检验技术专业为院级重点专业, 康复治疗技术专业为院级高水平专业。

师资力量雄厚：现有专任教师26人，校外兼职教师30人，专任教师中副教授11人，正教授2人，中级职称16人，"双师型"教师30人，具有硕士学位18人。全省"模范教师"1人，省级"优秀教师"1人，省级"教坛新秀"2人，铜都青年英才教师1人，院级专业带头人4人、教学名师1人、骨干教师8人。

教学设施完善：教学实验综合楼建筑面积达1万余平米，集实验、实训、教学于一体，内有专业实验实训室20余个，医学教学仪器设备总价值1000余万元。"医学检验技能综合培训中心" 2014年获批省级质量工程项目，2019年获批国家创新发展行动计划生产性实训基地；"医学影像技术临床技能综合培训中心" 2015年获批省级质量工程项目；"铜陵职业技术学院安徽安科恒益药业有限公司ladbrokes立博中文版食品药品检验中心实践教育基地" 2016年获批省级校企合作实践教育基地。

教科研成果显著：全系教师累计发表论文百余篇（其中有3篇被SCI收录，1篇被 EI收录）；主编、参编教材20余部；省级自然课题13项，省级教科研课题17项，市级软课题1项，院级教科研课题20项、精品课程7门。2017年有3名教师代表学院参加安徽省信息化教学设计大赛荣获三等奖,药学专业在第三、四届安徽省职业教育校企合作典型案例评比中获二等奖；2018年1名教师参加第二届全国医学影像专业青年教师基本功竞赛荣获二等奖，3名教师组队参加省课堂信息化大赛获二等奖；2020年3名教师组队参加省高职院校教学能力大赛获二等奖。

职业技能大赛硕果累累：医学影像技术专业学生2016年参加安徽省职业院校技能大赛（高职组）首届医学影像技能比赛获团体三等奖，2人获单项二等奖、1人获单项三等奖。药学专业学生2018年参加安徽省职业院校中药传统技能大赛（高职组）2人获三等奖。康复专业学生2019年参加安徽省职业院校康复技能大赛（高职组）3人获二等奖。影像专业学生2019年参加全国职业院校医学影像技术专业实践技能大赛中1人获二等奖、2人获三等奖。

一直以来，医学系十分重视学生全面素质的培养，把教学质量作为办学的生命线，坚持以服务为宗旨，以就业为导向的发展改革之路，积极探索校院合作、工学结合为特征的人才培养模式，办学特色鲜明,为安徽乃至长三角地区培养了一大批职业道德良好、理论知识丰富、操作技能娴熟的医学专门人才。